昭和53年。警視庁公安の刑事・赤坂衛は、建設大臣の孫が誘拐された事件の捜査に駆り出される。そして、その犯人が潜伏している可能性のある場所のひとつ、雛見沢地区を訪れることとなった。
その集落は、数年後に建設されるダムによって水没することになっており、住まいを奪われる村人たちの反対運動が繰り広げられていた。そこで彼は老刑事の大石、そして不思議な少女『古手梨花』と出会う…。
昭和57年。全寮制の学校を抜け出した詩音は、生まれ故郷の雛見沢へと戻ってきた。本来ならば彼女は家の掟により、村で生活することを許されない立場であったが、生来の機転と周囲の人々の協力で興宮で新生活をスタートさせる。
そこで彼女は、とあることをきっかけに優しげな顔の少年、悟史と知り合う。
詩音は彼に惹かれてゆくが、二人の間には厚い壁が立ち塞がっていた…。
とある放課後。レナは圭一と一緒にゴミ山での宝探しを楽しんでいたが、ふと空を見上げた拍子に、空から降ってきた『何か』を飲み込んでしまう。
心配して気遣う圭一だったが、特に異常もなく帰宅することに。一方同じ頃、古手神社ではちょっとした事件が起こっていた。神社の秘宝『フワラズの勾玉』が封印を解かれて、消息不明になってしまったのだ。その行方を探す梨花と沙都子だったが、そのひとつの居場所を突き止めて仰天する。なんとそれは先日、レナが飲み込んだ『何か』だった…！
昭和58年。悪夢のような雛見沢ガス災害発生から数日後、赤坂は旧知の老刑事、大石の訪問を受ける。そこで彼から、今回の災害に不審な点があることを聞かされて、二人は共同でその謎について調査を開始した。そして、捜査先の垣内市の女警部、巴の協力を得て雛見沢の出身者へ聞き込みを行う赤坂たちだったが、その相手が次々と変死する事件に巻き込まれて、調査活動は予想外に難航することに。一方、雛見沢御三家の少女『公由夏美』もまた、今までの生活に黒い変化が訪れていた…。
